在osx而非Linux上使用numpy的lapack_lite进行多重处理的segfault
问题内容:
以下测试代码在OSX 10.7.3上对我来说是段错误,在其他机器上不是:
from __future__ import print_function
import numpy as np
import multiprocessing as mp
import scipy.linalg
def f(a):
print("about to call")
### these all cause crashes
sign, x = np.linalg.slogdet(a)
#x = np.linalg.det(a)
#x = np.linalg.inv(a).sum()
### these are all fine
#x = scipy.linalg.expm3(a).sum()
#x = np.dot(a, a.T).sum()
print("result:", x)
return x
def call_proc(a):
print("\ncalling with multiprocessing")
p = mp.Process(target=f, args=(a,))
p.start()
p.join()
if __name__ == '__main__':
import sys
n = int(sys.argv[1]) if len(sys.argv) > 1 else 50
a = np.random.normal(0, 2, (n, n))
f(a)
call_proc(a)
call_proc(a)
段错误之一的示例输出:
$ python2.7 test.py
about to call
result: -4.96797718087
calling with multiprocessing
about to call
calling with multiprocessing
about to call
弹出OSX“问题报告”,抱怨类似的段错误KERN_INVALID_ADDRESS at 0x0000000000000108
;这是一个完整的。
如果我使用来运行它n <= 32
,它将运行良好;对于任何n >= 33
,它崩溃。
如果我注释掉f(a)
在原始过程中完成的调用,call_proc
则两个都可以。如果我调用f
另一个大数组,它仍然会出现段错误。如果我在另一个小型数组上调用它,或者如果我调用f(large_array)
然后传递f(small_array)
给另一个进程,则它可以正常工作。它们实际上并不需要相同的功能。np.inv(large_array)
然后np.linalg.slogdet(different_large_array)
假装也发生段错误。
所有注释掉的np.linalg
东西都会f
导致崩溃;np.dot(self.a, self.a.T).sum()
和scipy.linalg.exp3m
做工精细。据我所知,区别在于前者使用numpy的lapack_lite,而后者则不使用。
这对于我来说在我的桌面上发生
- python 2.6.7,numpy 1.5.1
- python 2.7.1,numpy 1.5.1,scipy 0.10.0
- python 3.2.2,numpy 1.6.1,scipy 0.10.1
我认为2.6和2.7是默认系统安装。我从源tarball手动安装了3.2版本。所有这些numpy都链接到系统Accelerate框架:
$ otool -L `python3.2 -c 'from numpy.core import _dotblas; print(_dotblas.__file__)'`
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.2/lib/python3.2/site-packages/numpy/core/_dotblas.so:
/System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Accelerate (compatibility version 1.0.0, current version 4.0.0)
/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 125.2.1)
在另一台具有类似设置的Mac上,我得到相同的行为。
但是f
在其他正在运行的计算机上工作的所有选项
- 带有Python 2.6.1和numpy 1.2.1的OSX 10.6.8已链接到Accelerate 4和vecLib 268(但它没有scipy或
slogdet
) - 具有Python 3.2.2,numpy 1.6.1和scipy 0.10.1的Debian 6已链接到系统ATLAS
- 具有Python 2.7.1,numpy 1.5.1和scipy 0.8.0的Ubuntu 11.04链接到系统ATLAS
我在这里做错什么了吗?可能是什么原因造成的?我看不到在被腌制和去腌制的numpy数组上运行函数如何可能导致它以后在另一个进程中出现段错误。
更新: 当我执行核心转储时,回溯路径位于内部dispatch_group_async_f
,即Grand Central
Dispatch接口。大概这是numpy /
GCD与多处理之间的交互中的错误。我将其报告为一个小错误,但如果有人对变通办法或就此问题如何解决有任何想法,将不胜感激。:)
问题答案: