熊猫数据框中的边列表以使用Networkx进行可视化


问题内容

我在使用networkx将数据框表示为网络时遇到困难。该问题似乎与数据框的大小有关,或者与更好的解释有关,与数据框内是否存在重复项有关。

我的数据集是

   Src          Dst
x.serm.cool    [x.serm.cool, x.creat.cool]
x.creat.cool   [x.creat.cool, x.serm.cool]
sms.sol.tr     [sms.sol.tr]
bbb.asl.gt     [bbb.asl.gt,cdc.fre.gh,str.alert.jf]
cdc.fre.gh     [cdc.fre.gh, bbb.asl.gt,str.alert.jf]
str.alert.jf   [str.alert.jf, bbb.asl.gt, cdc.fre.gh]
    ...
x.serm.cool    [x.serm.cool]

其中Src的值用作节点和Dst边。举例来说,这意味着x.serm.cool有两个链接,一个链接本身(但不需要考虑),另一个链接带有x.creat.cool。另一个例子:str.alert.jf具有三个链接:一个具有自身(但没有价值);另一个具有自身的价值。一个bbb.asl.gt与c另一个dc.fre.gh。所有链接都是无向的。我试图用不同的颜色表示列表中的某些节点:

df["color"] = "blue"
df.loc[df.Src.isin(["x.serm.cool", "cdc.fre.gh "]), "color"] = "green"
df["Dst"] = df.Dst.apply(lambda x: x[1:-1].split(","))

G = nx.from_pandas_edgelist(df.explode("Dst"), 'Src', 'Dst')
nx.draw(G, node_color = df.color)

但我有因错误信息:df["Dst"] = df.Dst.apply(lambda x: x[1:-1].split(","))。正如 YOBEN_S
在一个相关问题中所解释的(请参见问题底部),问题在于考虑使用列表而不是字符串。但是,当我尝试如下时:

test=["x.serm.cool", "cdc.fre.gh "]
df['color'] = np.where(df.Src.isin(test), "blue", "green")
G = nx.from_pandas_edgelist(df.explode("Dst"), 'Src', 'Dst')
nx.draw(G, node_color = df.color)

我收到此错误:

ValueError: 'c' argument has 79 elements, which is inconsistent with 'x' and 'y' with size 76.

我的原始数据集具有length
79,而76似乎是没有Src重复的数据集的长度/大小。我认为重复项可能很重要,因为它们会给出节点的大小,因此我宁愿不要将其从数据集和网络中删除。

您能帮我解决这个问题吗?

相关问答:


问题答案:

您面临的问题是因为数据中的某些项目是重复的。要解决它,您需要drop_duplicates在相关的地方使用:

df["color"] = "blue"
df.loc[df.Src.isin(["x.serm.cool", "cdc.fre.gh"]), "color"] = "green"
df["Dst"] = df.Dst.apply(lambda x: x[1:-1].split(","))
df = df.explode("Dst").drop_duplicates()
G = nx.from_pandas_edgelist(df, 'Src', 'Dst')

colors = df[["Src", "color"]].drop_duplicates()["color"]
nx.draw(G, node_color = colors)

输出:

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