我遇到了同样的问题，发现现在可以在readthedocs上编译Cython扩展了。

简短的答案：Cython模块可以使用readthedocs提供的virtualenv功能进行编译。

有关稍长的答案和示例项目，请参见下文。

问题是什么？

据我所知，sphinx导入了将要记录的项目的所有模块，然后在python中提取文档字符串。对于Cython模块，此操作将失败，因为它们无法直接导入，必须先进行编译。在readthedocs上开箱即用，无法编译模块，但是它们提供了实现此目的的工具。

如何解决这个问题。

在virtualenv中安装项目时，将构建Cython模块（到.so文件中），然后可以将其导入。不过，这可能需要一些外部模块（以下示例为numpy，当然也包括Cython）。可以在存储库中的pip需求文件（requirements.txt）中指定这些内容。

1. 启用该选项install your project inside a virtualenv下的 管理 - > 高级设置 上readthedocs
2. 输入requirements.txt相对于项目根目录的路径（docs/requirements.txt在以下示例中）
3. （如有必要，请更改python解释器版本）

现在，python setup.py install每次构建文档时都将安装您的项目（使用）。如果您在readthedocs的 Builds
选项卡中单击相应的构建，则可以在 Setup Output 下看到安装脚本的 输出
。这是可能出现编译时错误的地方。请注意，编译项目可能需要一些时间。 __

示例项目

一个Python软件包，由多个Cython模块组成，每个模块都有Google样式的docstrings。

my_project/
    setup.py
    my_package/
        __init__.py   # imports Cython modules
        cython_module1.pyx
        cython_module2.pyx
        ...
    docs/
        requirements.txt
        Makefile
        source/
            conf.py
            index.rst
            ... #  more documentation

requirements.txt

cython>=0.20
numpy>=1.9

注意事项

在我的项目上尝试时，我遇到了无法导入Cython模块的问题。Sphinx的错误消息显示为：

home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/... :4: WARNING: autodoc: failed to import module 'cython_module1';...
File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/.../__init__.py", ...
from .cython_module1 import CythonClass

发生这种情况是因为我曾经在本地构建我的文档，并添加了一行

...
sys.path.insert(0, os.path.abspath('../../')) # path to my_package
...

对我的conf.py建议在这里。这已经解决了我在本地构建时的问题（使用在那里我编译了项目python setup.py build_ext --inplace），但是在virtualenv中安装时，这指向了错误的my_package版本（即源代码，而不是已安装的软件包）。那里的狮身人面像找不到任何要导入的.so文件。

要解决此问题，只需完全删除该行。

我希望这有帮助。